自己的陽(yáng)臺欄桿上出現了像被單一樣掛在上面的少女，這種非現實(shí)的情節出現在了上條當麻的眼前。雖然在這個(gè)城市——最先進(jìn)科學(xué)引導的學(xué)院都市中，超能力已經(jīng)可以通過(guò)科學(xué)技術(shù)創(chuàng )造出來(lái)，但是眼前這位自稱(chēng)“茵蒂克絲”的少女還是把上條當麻嚇了一條。茵蒂克絲自稱(chēng)因擁有十萬(wàn)三千本魔導書(shū)而被魔法師追殺，而上條當麻靠自己的超能力也認定了少女的魔法。少女以危險為由離開(kāi)上條家，上條如往日一般去學(xué)校學(xué)習，但放學(xué)回家，卻發(fā)現茵蒂克絲倒在血泊之中。在科學(xué)與魔術(shù)交叉的世界中，上條當麻與茵蒂克絲的故事開(kāi)始了。